التحفيز المغناطيسي عبر الجمجمة (TMS) هو إجراء غير جراحي وآمن وغير مؤلم لتنشيط أو تعديل الأهداف القشرية في الجهاز العصبي المركزي (CNS)، يعتمد TMS على قانون فاراداي للحث الكهرومغناطيسي، حيث يتم تفريغ تيار كهربائي في ملف TMS، مما يولد مجالًا مغناطيسيًا عموديًا يصل عبر الجمجمة، وبالتالي يصل بشكل غير جراحي إلى الدماغ، حيث يولد مجالًا كهربائيًا و التيارات الكهربائية في أنسجة المخ المستهدفة.

إذا كانت هذه التيارات الكهربائية المستحثة قوية بما فيه الكفاية، فإنها تعمل على إزالة استقطاب الخلايا العصبية وتؤدي إلى إمكانات عمل مستحثة بواسطة TMS (إشعال عصبي) يمكن قياسها باستخدام مخطط كهربية الدماغ (EEG) أو مع إمكانات الحركة المستثارة (MEPs) ، أو أيضًا بشكل غير مباشر مع التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي (fMRI). تعتمد تأثيرات rTMS على استثارة القشرية على المعلمات الدقيقة المحددة في ما يسمى ببروتوكولات rTMS  بالإضافة إلى هندسة الملف.

 كقاعدة عامة، التردد المنخفض [LF ≥ 1 هرتز (هرتز)] rTMS يقلل من الاستثارة القشرية بينما rTMS عالي التردد (HF ≥ 5–20 هرتز) يزيد من الاستثارة. على سبيل المثال، عند تطبيقه على القشرة الحركية، يقلل LF-TMS من سعة MEP ويزيد من مدة فترة الصمت القشرية، بينما يؤدي HF-rTMS إلى تأثيرات معاكسة.